$primary_links とか $secondary_links には、
theme('links', $primary_links, array('class' => 'primary-links'))
みたいな感じで、theme_links() の内容をそのまま適用するように設定してたんだけど、<front> ページの場合には active というクラスを追加しないように修正したかったことと、CSS でのレイアウトの自由度を高めるために <span> タグを追加したかったことから、phptemplate_links() として再定義?してみたのに、なぜか全く反映されない…という問題が発生。